Obecna dyrektywa maszynowa MD 98/37/WE, a także przewodnik do niej, nie objaśniają dostatecznie wielu wymagań zarówno formalnych jak i technicznych. Niestety nowa MD 2006/42/WE także. Dyrektywa formułuje ważne definicje, które zawierają nieokreślone elementy je tworzące. Taka sytuacja czyni niejasnymi problemy podstawowe: co to jest maszyna, maszyna nieukończona, wyposażenie wymienne? Od zakwalifikowania produktu do tych kategorii zależy cały proces ich oceny i certyfikacji. Brak jasnych definicji napędu i konkretnego zastosowania. Brak także definicji narzędzi i części zamiennych. Kolejny problem, który dotyczy nie tylko typowych producentów maszyn ale też ich użytkowników to kwalifikowanie zestawu maszyn do maszyn zespolonych oraz modernizacje i przebudowy. Słabością nowej dyrektywy jest brak jaśniejszego określenia związków z innymi dyrektywami zwłaszcza z narzędziową. Niepokoi też problem norm zharmonizowanych z nową dyrektywą. Dla wielu maszyn dotychczasowe normy zharmonizowane z obecną MD 98/37/WE nie są zharmonizowane z MD/42/WE.